− les bactéries lactiques : Ce sont des bactéries produisant de l’acide lactique par fermentation des glucides simples (fermentation lactique). Elles ont pour rôles essentiels d’acidifier le lait et le caillé, de participer à la formation du goût (protéolyse, production d’arômes), de la texture et de l’ouverture des produits laitiers. Ces bactéries sont maintenant largement utilisées sous formes de levains sélectionnés.
− les bactéries propioniques. Ce sont des bactéries fermentant les lactates pour donner de l’acide acétique et propionique, ainsi que du CO2 (fermentation propionique). Ils participent à la formation du goût et de l’ouverture des fromages à pâte pressée cuite (Emmental, Comté, Gruyère).
Penicillium camemberti est présent à la surface des fromages à pâte molle à croûte fleurie comme le Camembert ou les fromages de chèvre.
Penicillium roqueforti est la moisissure interne des bleus comme le Bleu d’auvergne (lait de vache) ou le Roquefort (lait de brebis).
Mucor est la moisissure dominante à la surface de la Tomme de Savoie et est présente également à la surface du Saint Nectaire fermier. Par leurs aptitudes biochimiques, les moisissures jouent un rôle déterminant dans la formation des caractéristiques sensorielles des fromages.
Du fait même de leur composition et des conditions de production, le lait et les produits laitiers peuvent être contaminés par des micro-organismes qui, en se multipliant dans le milieu, provoquent des transformations nuisibles à la qualité des produits par dégradation de leurs constituants (protéines, lipides, lactose) et libération en leur sein de composés indésirables.
Ces dégradations peuvent être dues à des bactéries, levures et moisissures et se traduisent par des défauts de goût, d’odeur, d’aspect et de texture.
Les bactéries coliformes peuvent être responsables de gonflements précoces dans les fromages, conduisant notamment en pâte molle, à des accidents spectaculaires (fromage à aspect spongieux). Ce gonflement est du principalement à la formation d’hydrogène très peu soluble dans le fromage.
Lors de leur développement dans le lait et les produits laitiers, ces enzymes peuvent provoquer des défauts de goût dans les fromages (goût de rance, amertume).
Les levures et moisissures se manifestent dans le fromage. Ainsi, Mucor est responsable de l’accident dit « poil de chat » principalement en fromage à pâte molle, se caractérisant par un défaut d’aspect des fromages, et par l’apparition de mauvais goûts. De même, Geotrichum candidum peut devenir un agent d’altération (défaut de texture et de goût) en technologie pâte molle s’il est amené à trop se développer (accident de la « graisse » ou de la « peau de crapaud »).
Il est à noter que le regroupement des microorganismes en flore utile ou flore d’altération est à nuancer en fonction des technologies considérées. Par exemple, le Mucor est utile en Tomme de Savoie, mais nuisible en Camembert (accident du « poil de chat »).
Le maintien des productions au lait cru dans les années à venir ne sera possible que si nous réussissons à préserver les flores d’intérêt technologique tout en éliminant les flores pathogènes. Les mesures à mettre en place pour y parvenir doivent s’appuyer sur des données scientifiques concernant l’incidence des facteurs amont (production et traite des animaux), sur les équilibres microbiens du lait et la compréhension des dynamiques microbiennes en cours d’affinage du fromage.
La préservation in situ de la diversité microbienne tout au long de la chaîne de production permet de maintenir une biodiversité microbienne qui garantit la richesse et la diversité sensorielles des fromages traditionnels au lait cru. Elle doit s’appuyer sur une démarche rationnelle pour la mise en place des pratiques de production et de transformation du lait visant à favoriser les flores d’intérêt au détriment des flores pathogènes. La gestion de la diversité microbienne du lait jusqu’aux fromages affinés bénéficie au XXIe siècle du développement des techniques de biologie moléculaire.